Dalam perspektif pendidikan Islam Indonesia, pendidikan pondok pesantren tradisional merupakan bagian tak terpisahkan dari pendidikan nasional yang memberikan pencerahan bagi peserta didik secara integral, baik kognitif (knowlagde), afektif (attucude) maupun psikomotorik (skill)
visi dan misi pendidikan pondok pesantren tradisional dalam persepktif pendidikan Islam Indonesia adalah : Pertama, menekankan pada prinsip asasul khomsah atau panca jiwa, yakni keikhlasan, kesederhanaan, kemandirian, ukuwah Islamiyah dan kebebasan. Kedua, pola relasi kiai dengan santri tidak sekedar bersifat fisikal, tetapi juga bersifat batiniyah.Ketiga, pendidikan pondok pesantren selain diarahkan pada transmisi ilmu ilmu keIslaman, pemeliharaan tradisi Islam dan reproduksi ulama’, juga dimaksudkan menjadi alternatif bagi People centered development, Value oriented development, Institution development dan Self reliance and sustainability.
Kurikulum pendidikan pondok pesantren tradisonal saat ini tidak sekedar fokus pada kita kitab klasik (baca : ilmu agama), tetapi juga memasukkan semakin banyak mata pelajaran dan keterampilan umum, saat ini di pendidikan pondok pesantren dikhotomi ilmu mulai tidak populer.
Dari sisi managemen kelembagaan, di lembaga pendidikan pondok pesantren tradisional saat ini telah terjadi perubahan mendasar, yakni dari kepeminpinan yang sentralistik, hirarkis dan cenderung singgle fighter berubah menjadi model managemen kolektif seperti model yayasan.
Peran lembaga pendidikan pondok pesantren tradisional sangat penting dalam menjawab krisis kerohanian manusia modern, atau paling tidak sebagai balance terhadap kecenderungan pola hidup hedonistik dan ketidak jujuran, maka keberadaannya perlu mendapat dukungan yang lebih serius dari semua pihak.
Kesuksesan manusia lebih banyak ditentukan oleh faktor EQ dan SQ, sedangkan SQ merupakan aspek utama yang menjadi focus dari pendidikan pondok pesantren tradisional, maka direkomendasikan kepada semua pihak untuk terus mengembangkan pendidikan hati demi memperoleh kesuksesan hidup yang hakiki.
Aktifitas pendidikan pondok pesantren tradisional sejak awal kelahirannya mampu berkembang positif di masyarakat bahkan mempunyai kontribusi vital tidak saja dalam dimensi theologis tetapi juga sosial sebagai lokomotif utama dalam pencerahan masyarakat, maka tentu saja ia merupakan hazanah dan kekayaan nasional yang patut dilestarikan di bumi nusantara tercinta ini.
